Чрезвычайная уязвимость природной системы Куршской косы, нуждающейся в постоянном поддержании ее стабильного существования, предполагает установление особого режима использования территории. На въезде в парк со стороны г. Зеленоградска и со стороны Литвы имеются контрольно-пропускные пункты, где ведется учет посетителей. В случаях превышения допустимых суточных нагрузок или при высокой пожарной опасности лесов национальный парк вводит дополнительные ограничения для посещения.
На Куршской косе во всех функциональных зонах особо оговаривается запрещение ходьбы по береговому валу и дюнным пескам, кроме специально оборудованных мест, а также съезд автотранспорта с асфальтированного шоссе на обочину, стоянка автотранспорта не в специально установленных для этого местах.
